19世纪末传入泉州的日本教，是日本佛教净土真宗十大支派中的两个支派，日本佛教净土真宗为日本佛教的派系之一，创始人是亲鸾，著有《显净土真实教行信征文类》一书，为该书教派的主要经典。他们认为佛教的“真实之教”是《无量寿经》，佛的最重要部分是阿弥陀所说48愿，其“本体”则是“南无阿弥陀佛”名号。该派认为只要念诵弥陀号，便可摆脱烦恼，死后也可往西方极乐净土而成佛，又可借佛力回世间普度众生。净土真宗允许僧侣娶妻和肉食。公元15世纪，亲鸾嫡系分为本愿寺派（西本愿寺派）和东本愿寺派（大谷派）等十个支派，统称“真宗十派”。传入泉州的日本教即大谷派，称东教，和本愿寺真宗派，称西教。但以大谷派势力尤盛。
　　清光绪二十二年（1896年），驻厦门的日本教大谷派（东派）遣教士来泉州传教。据尤国伟《日本教入泉小记》云，首任日本教教士水谷魁耀“先祖南校场头一民屋为教堂……泉州人因它是日本人的教，就叫它日本教”。又云“日本教虽属佛教，讲的是佛经，符合泉州人的信仰习惯，因而颇有信奉其教的”。
　　后因教徒日多，购买城西北大寺后（开元寺后）民屋拆建教堂，颇具规模，堂中为观音厅，龛内塑释迦牟尼立像。厅可容纳三四百人坐席。教徒礼佛，依照泉州人习惯，定于每月阴历初一、十五、二十八日。礼佛仪式于上午举行。教士供奉花果，烧香点烛，诵经、敲钟，然后说法。
　　泉州人称观音大士为佛祖妈，每逢阴历二月十九日，六月十九日和九月十九日，称为佛诞。这几天泉州的日本教堂教要事事铺张，设宴演戏，招待泉州的地方官员和绅十，地方官绅也雇布袋戏、小梨园戏以应酬。
　　泉州的日本教教徒分为两类，其一为助成员，即在社会上有一定地们，对教堂有所赞助的人；其二为一般教徒。有泉州首饰业富商陈文沛，捐财发展日本教教堂，被指定为教学董事，因此社会势力大振，出入衙门，干预词讼。日本教士翻译林献章，亦借日本教势力，包揽词讼，要挟官厅。
　　泉州大寺后的日本教教堂，全称是“大日本真宗大谷派本愿寺布教所”，系属东教。为传教方便，在教堂设立医院和漳化学堂，学堂分普通科、专修科两种，学制三年。日本教士田中善立兼堂长，小岛由道、川村启吉为教员，又聘请当地人为汉文教师。普通科修日文、算学、中外史地、理科、汉文、修身（四书、五经、尺牍）、唱歌、体操、图画。专修科修日文和科学技术常识。全校学生50人左右。汉文都放在下午学习，由秀才吴国恒及王锡丹、何祝尧授课。普通科毕业一届，专修科中途停顿了。田中善立在泉州传教和教学过程中，注意调查福建和台湾的社会，著有《南靖与台湾》（一名《南支那与台湾》）一书。许多日本人到泉州，都寄宿日本教堂。
　　其时泉州新门街有洪氏大族人洪浦南，想另树一帜，到厦门联络日本教西派教士来泉州，在新门街洪姓大厝另立日本本愿寺真宗派西教堂，但势力不及东教，活动不久便停顿了。
　　辛亥革命前夕，日本教士曾一度中断驻泉州。民国初年，又派遣教士继续住泉州日本教堂。最后一任教士大内正雄，卒葬教堂内。1915年，袁世凯承认日本帝国主义者的二十一条卖国条约，中国掀起反日高潮，泉州的日本教也就销声匿迹了。这所教堂，以后改为西隅学校。
　　19世纪末，驻厦门的日本佛教本愿寺东、西二教派，还到尤溪县石码设立东、西两派教堂。东派在福寿街金隆米店隔壁（今解放东路38号）；西派在今龙县文化馆址设教堂。两个教堂一样尊奉释迦牟尼和观音菩萨，一样交结地方势力，而地霸也借宗教势力，控制地方进出口税收。
　　通过泉州、石码两地日本教情况的比较，可见鸦片战争后，日本帝国主义通过不平等条约把势力侵入闽南，日本教亦从台湾乘机传播到厦门，再以厦门为据点向泉州、石码两地日本教情况的比较，可见鸦战争后，日本帝国主义通过不平等条约把势力侵入闽南，日本教亦从台湾乘机传播到厦门，再以厦门为据点向泉州、石码扩展。泉州的日本教本愿寺东、西二派就是这个历史下传播的。